- a -

• arg : theba.core.math.EDM

- b -

• border : theba.core.math.DistancePath
• borderdist : theba.core.math.DistancePath
• BYTE_TYPE : theba.core.gui.ThebaGUI

- c -

• cache : theba.core.io.SliceReader
• cachedMap : theba.core.ImageFunctions
• cacheSize : theba.core.io.SliceReader
• canceled : theba.core.math.EDM
• circlish : theba.core.FiberSlice
• control : theba.plugins.ErodePlugin , theba.plugins.Median3DPlugin , theba.plugins.DistanceMapPlugin , theba.plugins.DistanceMap2DPlugin , theba.plugins.Dilate3DPlugin , theba.plugins.DilatePlugin , theba.core.Tracker , theba.plugins.Erode3DPlugin , theba.plugins.WatershedPlugin , theba.core.gui.ImagePane
• count : theba.core.gui.ThebaGUI , theba.core.math.EDM

- d -

• debug : theba.core.math.EDM
• depth : theba.core.gui.ThebaGUI , theba.core.RegionMask , theba.core.io.SliceReader
• drawFibers : theba.core.gui.ImagePane

- e -

• empty : theba.core.gui.ThebaGUI

- f -

• FICTITIOUS : watershed.WatershedPixel
• file : theba.core.io.SliceReader
• filename : theba.core.io.SliceReader
• first : theba.core.BackTrack

- g -

• geodesic : theba.core.math.DistancePath

- h -

• h : theba.core.math.DistancePath
• height : theba.core.gui.ThebaGUI , theba.core.RegionMask , watershed.Watershed_Algorithm , theba.core.io.SliceReader
• histogram : theba.core.math.EDM , theba.core.BackTrack
• HMAX : watershed.Watershed_Algorithm
• HMIN : watershed.Watershed_Algorithm

- i -

• id : theba.core.RegionMask2D
• image : theba.core.FiberSlice , theba.core.gui.Binary3DImage
• image2 : theba.core.gui.Binary3DImage
• img : theba.core.gui.ImagePane
• imp : theba.core.math.EDM
• INIT : watershed.WatershedPixel
• instance : theba.core.gui.ThebaGUI
• INVALID : theba.core.gui.ThebaGUI
• invertImage : theba.core.math.EDM
• isCracked : theba.core.FiberSlice

- k -

• keepTracking : theba.core.Tracker

- l -

• last : theba.core.BackTrack
• levelOffset : theba.core.math.EDM
• levelStart : theba.core.math.EDM
• log : theba.core.Tracker
• lumencenters : theba.core.gui.ThebaGUI
• lumendata : theba.core.FiberSlice
• lumens : theba.core.BackTrack

- m -

• mark : theba.core.BackTrack
• MASK : watershed.WatershedPixel
• mask : theba.core.RegionMask2D
• max : theba.core.BackTrack
• MAX_FIBERS : theba.core.gui.ThebaGUI
• maxEDM : theba.core.math.EDM
• movie : theba.core.math.EDM

- n -

• neuralOut : theba.trackers.BackTracker

- o -

• oldborder : theba.core.math.DistancePath
• oldgeo : theba.core.math.DistancePath
• origin : theba.core.Region
• output : theba.core.io.DataConversion
• overflow : theba.core.BackTrack

- p -

• paused : theba.core.Tracker
• preallocatedDataArrays : theba.core.io.SliceReader
• prevMask : theba.core.Seed
• px : theba.core.BackTrack
• py : theba.core.BackTrack

- q -

• queue : theba.core.io.SliceReader
• queuex : theba.core.BackTrack
• queuey : theba.core.BackTrack

- r -

• rating : theba.core.Seed
• readAhead : theba.core.io.SliceReader
• regionSize : theba.core.FiberSlice

- s -

• samples : theba.core.math.NonUniformInterpolation
• seedStillValid : theba.trackers.BackTracker , theba.trackers.HHTracker , theba.trackers.FiberTracker
• SHORT_TYPE : theba.core.gui.ThebaGUI
• size : theba.core.Region , theba.core.LumenCandidate
• slice : theba.core.math.EDM

- t -

• tabPane : theba.core.gui.ImagePane
• tmp : theba.core.io.SliceReader , theba.core.gui.ThebaGUI

- v -

• val : theba.core.BackTrack
• valid : theba.core.FiberSlice , theba.core.LumenCandidate
• values : theba.core.math.NonUniformInterpolation
• volumeDepth : theba.core.gui.OpenDialog
• volumeHeight : theba.core.gui.OpenDialog
• volumeWidth : theba.core.gui.OpenDialog

- w -

• w : theba.core.math.DistancePath
• watershed : theba.core.math.EDM
• whiteBackground : theba.core.math.EDM
• width : watershed.Watershed_Algorithm , theba.core.gui.ThebaGUI , theba.core.io.SliceReader , theba.core.RegionMask
• win : theba.core.math.EDM
• WSHED : watershed.WatershedPixel

- x -

• x : theba.core.math.Point3D , theba.core.math.Vector3D , theba.descriptors.OrientationDescriptor.FloatPair
• xCoordinate : theba.core.math.EDM
• xmax : theba.core.BoxBounds
• xmin : theba.core.BoxBounds
• xx : theba.core.BackTrack

- y -

• y : theba.core.math.Point3D , theba.core.math.Vector3D , theba.descriptors.OrientationDescriptor.FloatPair
• yCoordinate : theba.core.math.EDM
• ymax : theba.core.BoxBounds
• ymin : theba.core.BoxBounds
• yy : theba.core.BackTrack

- z -

• z : theba.core.math.Point3D , theba.core.math.Vector3D
• zmax : theba.core.BoxBounds
• zmin : theba.core.BoxBounds